Um acompanhamento multiprofissional se faz necessário para evitar ou minimizar possíveis sequelas inerentes à malformação.

Ortodontista - O tratamento é longo e se inicia na maternidade com a confecção da prótese palatina obturadora para facilitar a sucção e iniciar a ortopedia pré-cirúrgica de correção. Fissuras de envolvem o rebordo alveolar (gengivas) podem apresentar necessidades odontológicas especiais, pelas possíveis alterações de número, tamanho, posição dos dentes de leite e/ou permanentes próximos à fissura. A colocação de aparelhos ortodônticos é necessária em alguns momentos.

Cirurgião Plástico - As fissuras não fecham espontaneamente e precisam de um cirurgião plástico experiente. Em geral, as cirurgias primárias para fechamento do lábio ocorrem entre 3 e 6 meses e a correção do palato entre 12 a 18 meses. Consultas anuais são importantes para o acompanhamento e havendo indicação reparos são feitos entre 4 e 6 anos. Outras cirurgias podem ser necessárias de acordo com o tipo de fissura e só o cirurgião plástico pode definir o momento e a técnica ideais para cada caso.

Otorrinolaringologista – Crianças com fissura costumam ter infecções recorrentes de ouvido médio, isso porque os músculos da garganta têm inserção anterior não permitindo a drenagem pela tuba auditiva. O acúmulo de secreção pode gerar infecções e perdas auditivas temporárias ou permanentes.

Fonoaudiologia – Os cuidados se iniciam na maternidade com amamentação dos bebês com fissuras no palato. A posição do bebê, estimulação para o aleitamento materno ou artificial e cuidados com o tipo de bico, o tamanho do orifício e o tempo de alimentação. Crianças com fissura labial normalmente tem fala normal ou quase normal. Outras com envolvimento do palato podem apresentar atraso no desenvolvimento da fala, além de pronunciar palavras com som nasal. Por vezes, mesmo depois do fechamento do palato podem precisar de terapia fonoaudiológica e cirurgias adicionais para alongamento do palato.

Pediatria (ganho de peso) - A descontinuidade labial e a abertura no palato diminuem a pressão negativa intra-bucal podendo prejudicar o processo de sucção e deglutição dos lactentes. É a pressão negativa juntamente com os movimentos de ordenha que permitem a ejeção do leite. O bebê pode apresentar obstrução das vias aéreas, incoordenação entre sucção, respiração e deglutição, se engasgando e cansando mais facilmente. Pode  haver pouca ingestão volumétrica de leite e desnutrição, broncoaspirações e pneumonias.